​Nodwedd bwysicaf y plwyf yw’r eglwys yng Nghlynnog Fawr, sef eglwys Sant Beuno. Mae llawer wedi ei ysgrifennu dros y blynyddoedd am hanes yr eglwys, ond yn fyr adeiladwyd yr eglwys bresennol ar safle mynachdy Celtaidd a sefydlwyd gan Beuno yn y seithfed ganrif, Ceir cyfeiriad at losgi’r eglwys gan y Llychlynwyr yn 978, ond mae rhai ffynonellau fel Brut y Tywysogion yn awgrymu mai Hywel ap Ieuaf, a ddaeth yn frenin Gwynedd yn 974 a anrheithiodd ‘Llyn a Clynnog Fawr’ yn 978. Er bod y dystiolaeth yn y blwyddnodion yn brin, awgrymodd T M Charles Edwards bod dau ymosodiad ar yr ardal yn 978, ond mae hefyd yn awgrymu y gall bod Hywel ap Ieuaf wedi cydweithio â’r Llychlynwyr yn erbyn Iago ap Idwal. Yn ôl y dystiolaeth, bu’r blynyddoedd wedi’r cyfnod hwn yn eithaf distaw a llewyrchus i’r eglwys, a nid yw wedi ei chynnwys yn y rhestr o eglwysi oedd yw digolledu wedi’r goncwest yn 1282. Mae’r eglwys bresennol, sydd ar ffurf groes yn y dull Saesnig, yn dyddio fwyaf o’r 15fed a 16eg ganrif. Mae’r gangell a chroesfâu’r de a’r gogledd o’r un cyfnod, ac yn ôl pob tebyg, ac ar sail darnau o wydr lliw o ffenest ddwyreiniol, wedi eu cwblhau erbyn tua 1486. Mae corff yr eglwys o’r un arddull ond o gyfnod rhywfaint yn ddiweddarach. Mae porth y gogledd a’r festri yn ychwanegiadau mwy plaen ond oherwydd y tebygrwydd yn y drysau, credir i’r festri ddyddio o’r un cyfnod â chorff yr eglwys. Credir hefyd bod y twr a Chapel Sant Beuno yn dyddio o ddechrau 16eg ganrif. Fel yr oedd yn ffasiwn yn yr unfed ganrif ar bymtheg, roedd mwy a mwy o addolwyr blaengar yn cefnogi eglwysi plwyf lleol, a’r teulu Glynne a gyflwynodd y ffenest ddwyreiniol i’r capel er cof am aelodau o’r teulu. Mae enwau’r rhai sydd ar y coffâd yn awgrymu dyddiad rhwng 1540 a 1558. Er ar wahân, mae Capel Beuno, lle y credir i Sant Beuno gael ei gladdu, wedi ei gysylltu â’r eglwys drwy dramwyfa 5 llath mewn hyd, wedi ei adeiladu yn eithaf garw gyda tho cromennog yn debyg i waith Celtaidd cynnar, ond yn ôl bob tebygrwydd yn dyddio o’r ail ganrif ar bymtheg. Yn ol bob son, roedd y dramwyfa hon yn cael ei defnyddio fel carchar dros dro yn y ddeunawfed ganrif. Ymysg y nifer o arteffactau a geir yn yr eglwys mae Cyff Beuno, cist gref wedi ei cherfio o dderw caled gyda thair clo cryf. Roedd yn draddodiad ar droead y bedwaredd ganrif ar bymtheg i ffermwyr lleol roddi lloi neu wyn gyda marc neu nòd Beuno, hollt a geir weithiau ar glustiau lloi, i’r eglwys a buasai unrhyw arian a gafwyd o werthu’r anifail yn cael ei gadw yn y gist dderw hon. Awgrymodd J Evans yn ei lyfr Beauties of North Wales bod hen lawysgrif yn cyfeirio at ddefnydd Cyff Beuno o gasglu arian penyd gan bechaduriaid, ac mae’n debyg bod yr offrymau yn cael eu gwneud mewn dull arbennig: ‘Here I offer to God four pence for my private sins, on which account the Almighty is now punishing me, to be given for the same service that the Blessed Saints used to offer, in the name of the Father, the Son and the Holy Spirit’.